Przeniesione zostały siedziby oddziałów: w Sanoku z ul. Kościuszki 5 do budynku przy ul. Rynek 10, z Jasła z ul. Lenartowicza 9 do Skołyszyna. Poprawiło się wyposażenie nowych obiektów w niezbędne sprzęty i urządzenia potrzebne do prawidłowego funkcjonowania placówki. Magazyny wzbogaciły się o nowe regały i specjalne regało-szuflady dla przechowywania map, zakupiono kserografy, czytniki do mikrofilmów, sprzęt audiowizualny, elektryczne i elektroniczne maszyny do pisania, komputery. Równolegle z poszerzeniem bazy lokalowej i jej doposażeniem powiększyło się też zatrudnienie - w 1993 r. pracowało w AP w Rzeszowie i oddziałach terenowych 29 pracowników w tym 13 z wyższym wykształceniem. Uległa zmianie struktura organizacyjna archiwum i przedstawia się następująco:
Oddział d/s Archiwów Zakładowych
Oddział Gromadzenia, Opracowania i Zabezpieczania Zasobu
Oddział Informacji i Udostępniania
Oddział Organizacyjno-Budżetowy
Oddział Terenowy w Skołyszynie
Oddział Terenowy w Sanoku
Ośrodek Badań Historii Żydów
Pierwszym trzem oddziałom podporządkowane zostały specjalistyczne pracownie: Pracownia Konserwacji Akt, Pracownia Naukowa (udostępnianie zasobu), Pracownia Reprograficzna (mikrofilmowanie zabezpieczające, wykonywanie odbitek kserograficznych i zdjęć z materiałów archiwalnych) i Biblioteka Zakładowa.
Kontynuują działalność komisje archiwalne takie jak: Komisja Metodyczna, Komisja Archiwalnej Oceny Dokumentów, Komisja Zakupów Materiałów Archiwalnych. Całością prac kieruje Dyrektor Archiwum, który bezpośrednio podlega Naczelnemu Dyrektorowi Archiwów Państwowych w Warszawie. W ramach tej struktury organizacyjnej działalność archiwum prowadzona jest w trzech głównych kierunkach:
Opieka i nadzór nad archiwami zakładowymi- wytwarzają one materiały o znaczeniu historycznym przeznaczone do wieczystego przechowywania (akta kategorii "A"). Nadzór wyraża się przez opiniowanie i zatwierdzanie przepisów kancelaryjnych i archiwalnych regulujących obieg i sposób postępowania z dokumentacją w zakładach pracy w tym zasady gromadzenia, zabezpieczenia i ewidencjonowania materiałów archiwalnych. Stąd prowadzone są kontrole archiwów zakładowych, szkolenia zawodowe archiwistów zakładowych oraz pracowników różnych działów w dziedzinie organizacji biurowości.
Zabezpieczenie i opracowywanie zgromadzonego zasobu- są to działania wielokierunkowe i polegają one głównie na odpowiednim przechowywaniu i poddawaniu archiwaliów konserwacji. Opracowanie zasobu to głównie sporządzanie inwentarzy archiwalnych. Archiwum posiada dla 459 zespołów inwentarze książkowe a dla 818 kartkowe, ponadto dla 26 zespołów spisy zdawczo-odbiorcze. Pełna ewidencja zasobu pozwala na szybkie wyszukiwanie potrzebnych materiałów archiwalnych jak również umożliwia kontrole kompletności posiadanych zbiorów.
Udostępnianie zgromadzonych archiwaliów i ich popularyzacja- akta udostępnia się bezpośrednio korzystającym w pracowniach naukowych AP w Rzeszowie i oddziałach terenowych. W ramach popularyzacji zasobu organizowane są okolicznościowe wystawy własnych materiałów, rozpowszechniane publikacje przygotowane przez pracowników archiwum, którzy także spotykają się z dziennikarzami prasy regionalnej i radia, propagując problematykę archiwalną i historię regionu. Również dla popularyzacji zasobu Archiwum - szczególnie dla licznie odwiedzających Rzeszów turystów żydowskich - Naczelny Dyrektor Archiwów Państwowych w dniu 30 marca 1989 r. powołał w AP w Rzeszowie Ośrodek Badań Historii Żydów.